近代物理系设理论物理、原子分子物理、粒子物理与原子核物理、物理电子学、自旋物理学等专业进行本科教学工作，分属于物理学、应用物理学、量子信息科学一级学科。自2000级起本科学制四年（从2010年夏季试行三学期制），本科前2年以扎实的数理基础教育为主，后2年结合研究前沿进行泛专业的基础教育，鼓励学生进入实验室参与研究。约40%优秀本科毕业生可以免试进入研究生阶段。近代物理系的教育特点是：重视基础，崇尚学术自由，坚持科学与技术、教学与研究、理论与实践相结合。
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